Akanji đã có hai lần ra sân cho đội tuyển quốc gia U-20 Thụy Sĩ. Trận ra mắt của anh ấy là vào ngày 7 tháng 9 năm 2014 trong trận hòa 0–0 trước đội tuyển quốc gia U-20 Đức. Từ năm 2014, anh là thành viên của đội U-21 Thụy Sĩ và có trận ra mắt đầu tiên cho đội tuyển vào ngày 26 tháng 3 trong trận thua 0-3 trước đội tuyển U-21 Ý.

Akanji đã có trận ra mắt chính thức trong màu áo đội tuyển quốc gia trong chiến thắng 2–0 trước Quần đảo Faroe ở trận đấu thuộc vòng loại World Cup 2018 vào ngày 9 tháng 6 năm 2017. Anh ấy đã chơi trọn vẹn 90 phút.[11]

Anh có tên trong danh sách 23 cầu thủ của đội tuyển Thụy Sĩ tham dự World Cup 2018 tại Nga.